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生物序列检索

在生物序列检索页面,用户可以输入核酸序列或氨基酸序列,选择检索模式和检索参数,Inspiro会去匹配检索目标专利。

生物序列检索具体操作步骤如下:

1)从主菜单中点击“专利-生物序列检索”,即可进入生物序列检索页面(图5-5-1)。生物序列检索包括数据范围选择,生物序列检索、检索模式选择和检索参数设置四部分区域。

2)在生物序列检索页面上部区域,选择数据范围,包括目标地域和目标序列类型,其中可选目标地域涉及中国、奥地利、澳大利亚、比利时、加拿大、瑞士、德国、法国、英国、日本、韩国、法国、英国、日本、韩国、卢森堡、荷兰、挪威、美国、欧洲专利局和世界知识产权组织等21个国家和组织,可选目标序列包括核酸序列和氨基酸序列。

3)在生物序列检索输入框内,输入一段或者几段相关的核酸序列号或氨基酸序列号,如需设置子序列,输入框下方选择设置子序列的起始位置。

4)参数设置:在生物序列检索页面下部区域,设置有BLAST检索参数,可以根据需要进行参数设定。

BLAST检索参数包括常规参数、打分参数、过滤器和屏蔽,其中,常规参数包括结果返回序列条数、启用短序列调整、相似性阈值、匹配词长度、检索范围内最多允许匹配次数;其中结果返回序列条数,可以选择设置为10、50、100、250、500、1000、5000、10000;启用短序列调整,可以设置是否自动检测短序列并相应调整参数;相似性阈值,可以设置0~?;匹配词长度,可以选择设置为16、20、24、28、32、48、64、128、256;检索范围内最多允许匹配次数,可以设置上限?

打分参数包括匹配/不匹配打分、空位罚分,可以进行选择设置;

过滤器,可以勾选设置低复杂度区域;

屏蔽,包括仅屏蔽查找表、屏蔽小写字母,可以进行勾选设置。

5)点击“回复默认参数”按钮,可以使用默认参数执行检索。

6)点击“检索”按钮,执行检索命令。